近來發生了數起離奇的失蹤事件——在雨夜聽到籠目歌謠的女孩相繼行蹤不明。鬼太郎發現失蹤者是中了蛇女的詛咒。女高中生比良本楓也中了此咒，生命瀕危，鬼太郎以及同伴們和她一起踏上了解咒之旅。在妖怪圖書館的掌管者文車妖妃的幫助下，眾人查知只有集齊三件上古樂器，舉行護人囃子之儀才能封印蛇女。於是，一行人分頭前往古地圖上記載的“天”、“地”、“海”三處，尋找樂器。鬼太郎和楓去“天”——箱根的神山；貓女和鼠男去“地”——高尾山；撒沙婆婆和子泣爺爺去“海”——三浦半島的海面。 旅途中，隨著咒語發作期限的逼近，楓對自己的命運感到絕望，自暴自棄起來。她和鬼太郎大吵一架，兩人的關係陷入了僵局。 與此同時，撒沙婆婆從妖怪界的賢者井仙人那裡得知了詛咒背後的真相。原來蛇女並不邪惡。一千年前，人魚族的妖怪蛇女和人類青年海人相愛。蛇女請井仙人幫忙變成了人，和海人結為夫婦。然而村裡人卻...